@diego-alves, boa tarde!
Não há incompatibilidade CNAE comércio de peças e venda de veículos usados.
O estabelecimento comercial atacadista estabelecido no território mato-grossense pode, nas operações com mercadorias sujeitas a regime de substituição tributária, utilizar na definição da base de cálculo a MVA reduzida desde que tenha optado pelo Regime Optativo de Tributação da Substituição Tributária, pelo benefício fiscal de crédito outorgado de que trata a alínea a do inciso II do artigo 2° do Anexo XVII do RICMS e seja credenciado como substituto tributário. (§ 1°-A, caput do Art. 2°-A Portaria n.º 195/19).
O contribuinte pode na venda de veículos usados aplicar a redução da base de cálculo a 95% desde que observadas as condições estabelecidas no Art. 54 do Anexo V do RICMS-MT.