Resposta:
Conforme legislação estadual vigente, o sujeito passivo precederá ao estorno do ICMS que se creditou, sempre que as mercadorias adquiridas para a sua comercialização, industrialização perecerem, deteriorarem-se, extraviarem-se ou forem objeto de sinistro, furto ou roubo; (art. 123 do RICMS/MT).
Portanto, não se pode negar que tais eventos implicam saída da mercadoria do estabelecimento como ratificam as inferências adiante destacadas pertinentes a essas ocorrências, no caso se refere a vacinas vencidas, ou seja, mercadoria não se presta mais à finalidade com a qual deu entrada no estabelecimento. Tecnicamente, a mercadoria registrada saiu do estabelecimento, por ter perdido a finalidade à qual se destinavam (como as deterioradas).
À luz da legislação tributária, corroborando o entendimento de que os eventos em comento materializam saída de mercadoria, o RICMS/MT, arrola no seu Anexo II, que cuida dos CFOP, no Grupo "das Saídas de Mercadorias, Bens ou Prestação de Serviços", dentro do Subgrupo que designou como "Outras Saídas de Mercadorias ou Prestações de Serviços, o código 5.927, assim descrito:
DAS SAÍDAS DE MERCADORIAS, BENS OU PRESTAÇÃO DE SERVIÇOS
(...)
5.900 – OUTRAS SAÍDAS DE MERCADORIAS OU PRESTAÇÕES DE SERVIÇOS
(...)
5.927 – Lançamento efetuado a título de baixa de estoque decorrente de perda, roubo ou deterioração
Classificam-se neste código os registros efetuados a título de baixa de estoque decorrente de perda, roubo ou deterioração das mercadorias.
(...)
Como se trata de emissão de NF-e para outra empresa que fará o descarte das vacinas vencidas, deve emitir nota fiscal de perda no CFOP 5.949/ou 6.949, CST 41, e consignar no campo da NF-e DADOS ADICIONAIS> informações complementares, que se trata de produto vencido e que a empresa destinatária fará o descarte final das vacinas vencidas.