Resumindo: Se optar pelo PRODER não pode utilizar de redução no RICMS/MT e vice-versa; não existe no atual RICMS/MT redução de base de cálculo para amendoim em operação interestadual (existe se for farelo ou torta de amendoim). FETHAB e a Entidade da Cadeia Produtiva incide se for nos termos do art. 27-I-4-1 do Decreto n° 1261/2000.

Explicando:

Benefício do PRODER – Amendoim está regulamentado nos termos do Decreto 288/2019 e Resolução n° 074/2021/CONDEPROMAT constando um percentual de 62,50% de crédito outorgado para as operações próprias de saída interestadual de Amendoim - NCM 12.02.41.00 e nada consta no atual RICMS/MT previsão de redução de base de cálculo para esse NCM.

Sendo um crédito outorgado entende-se que este deverá ser na apuração (EFD) conforme o Decreto 288/2019 e não no preenchimento da NF-e, ou seja, se optar pelo benefício PRODER deverá preencher a NF-e interestadual tributada a 12%, sem benefício de redução, pois é vedada a incidência cumulativa dos benefícios na mesma operação nos termos do § 5° do art. 13 do Decreto 288/2019.

Nos termos do § 5° do art. 13 do Decreto 288/2019, se for utilizar de alguma redução de base de cálculo prevista no RICMS na operação, não poderá na mesma operação se utilizar do PRODER (deve optar por um tratamento ou outro, nunca os dois na mesma operação):  

§ 5° Atendidos os requisitos, formas e condições correspondentes, fica facultado ao contribuinte beneficiário de programa de desenvolvimento de que trata este regulamento optar por tratamento diferenciado previsto no Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto n° 2.212, de 20 de março de 2014, ou na legislação tributária, incidente sobre a operação e/ou prestação que efetivamente praticar, vedada a incidência cumulativa dos benefícios na mesma operação, ressalvada disposição expressa em contrário.

Atualmente nada consta como sendo redução de base de cálculo nos termos do art. 9° do Anexo VIII, creio que está se referindo ao RICMS/89 que foi revogado desde 01/08/2014 pelo atual RICMS/2014 e que consta previsão como redução de base de cálculo para farelos e tortas de amendoim (ou seja, não se trata do mesmo produto do PRODER como amendoim – NCM 12.02.41.00) se nos termos do art. 30 do Anexo VII do RICMS/2014:  

Art. 30 Fica reduzida a 40% (quarenta por cento) do valor da operação a base de cálculo do ICMS nas saídas interestaduais dos seguintes produtos: 

VI – (...) farelos e tortas (...), de amendoim

Quanto ao FETHAB e a Entidade da Cadeia Produtiva deverá observar os termos do art. 27-I-4-1 do Decreto n° 1261/2000, se for o caso:

Art. 27-I-4-1 Os contribuintes mato-grossenses que promoverem saídas de (...), Amendoim, (...), inclusive as destinadas à exportação, ainda que realizadas por intermédio de comercial exportadora, efetuarão recolhimento de contribuição à conta do FETHAB e das respectivas Entidades da Cadeias Produtivas, na forma e nos prazos indicados neste regulamento, nos valores correspondentes aos referenciados nas tabelas que integram, respectivamente, os incisos I e II do § 1°-A do artigo 10, de acordo com o produto e o ano da operação.

§ 1° Fica responsável pelo recolhimento das contribuições arroladas no caput deste artigo:

I - o remetente, nas saídas:

a) destinadas à exportação direta;

b) a destinatário situado em outra unidade da Federação;

II - o destinatário, nas saídas efetuadas para empresa comercial exportadora ou trading company situada neste Estado.

§ 5° Nas hipóteses deste artigo, caso o recolhimento já tenha sido efetuado, não haverá nova incidência, devendo o remetente declarar no documento que acobertar a operação que a contribuição ao FETHAB e à respectiva Entidade da Cadeia Produtiva foi recolhida em etapa anterior, informando, ainda, o valor pertinente, a data do aludido recolhimento e o número do correspondente documento de arrecadação.