O parágrafo 1º do art. 2º da Portaria nº 005/2014-SEFAZ que dispõe sobre o cadastro de contribuintes do ICMS de MT prevê que considera produtor agropecuário, assim considerado a pessoa física ou jurídica que se dedique à exploração, isolada ou conjuntamente, de atividade agropecuária, extrativismo vegetal, reflorestamento e/ou assemelhados, em estabelecimento próprio ou alheio, beneficiando-se dos frutos dessa atividade econômica. 

Para exercer a atividade de fabricação de alimentos para animais DEVE ABRIR UMA OUTRA INSCRIÇÃO ESTADUAL DE INDÚSTRIA com CNAE 1066-0/00, sendo de exclusiva responsabilidade do estabelecimento a correta indicação da correspondente CNAE, em função da atividade econômica a ser desenvolvida, devendo considerar atividade principal do estabelecimento aquela que lhe traga maior contribuição para geração de receita operacional, devendo constar, também, a atividade secundária, se for o caso.

Edmilson, talvez não seja necessário ter outra atividade, uma vez que você informar que o produtor rural vai produzir sua própria ração com finalidade específica de transferir parte da ração produzida para outras propriedades para alimentação de animais, podendo ser aplicado a saída com isenção interna prevista no parágrafo 3º do artigo 115 do anexo IV do RICMS/MT.

ANEXO DO V RICMS/MT

Art. 115 Operações internas realizadas com os insumos agropecuários a seguir indicados:

(...)

III – rações para animais, concentrados, suplementos, aditivos, premix ou​​​ núcleo, fabricados pelas respectivas indústrias, devidamente registradas no Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento – MAPA, desde que:

(...)

• 3° O benefício previsto no inciso III do caput deste artigo aplica-se, ainda, à ração animal, preparada em estabelecimento produtor, na transferência a estabelecimento produtor do mesmo titular ou na remessa a outro estabelecimento produtor, em relação ao qual o titular remetente mantiver contrato de produção integrada.

(...)

Boa tarde! Com relação a licença para fabricação teria que ver no INDEA ou SEMA. Com relação a transferência interna deve utilizar o CFOP e CST correspondente, não sendo devido ICMS nesta operação.