Boa Tarde

Uma indústria de Nutrição animal, fabrica ração, alimentos preparados para animais porte grande, quer fazer o transporte das cargas, das ração, mas não tem o veiculo próprio (Caminhão), vai contratar terceiros autônomo, a minha duvida, é permitido a empresa emitir a CTe e o Manifesto da carga, através de um contrato de prestação de serviço do autônomo dono do caminhão?  

outra duvida, para fazer o credenciamento, a empresa tem que fazer alteração no CNPJ incluindo o CNAE de transporte ?

grata