Conforme a PORTARIA N° 336/2012-SEFAZ, em vigência nesta data, deve-se fazer a "a inutilização de números de CT-e não utilizados":
Art. 20 O emitente deverá solicitar, mediante Pedido de Inutilização de Número do CT-e,(...) , a inutilização de números de CT-e não utilizados em cada mês, na eventualidade de quebra de sequência da numeração do CT-e. (cf. caput da cláusula décima quinta do Ajuste SINIEF 9/2007)
Caso tenha feito a transmissão do arquivo digital do CT-e solicitado autorização da nota inutilizada, então implica cancelamento do Pedido de Inutilização de ct-e de mesmo numero.
§ 4° A transmissão do arquivo digital do CT-e nos termos do artigo 5° implica cancelamento de Pedido de Inutilização de Número do CT-e já cientificado do resultado que trata o § 3° deste artigo. (Acrescentado pela Port. 021/22)