@andre-peripoli,boa tarde!
André, a Portaria 239/08 oferece duas opções, veja a que melhor lhe convém
PORTARIA N° 239/2008 – SEFAZ
Art. 1º Fica instituído o Conhecimento de Transporte Avulso Eletrônico– CTA-e, conforme modelo aprovado pelo Anexo Único desta Portaria, a ser emitido no âmbito da Secretaria de Estado de Fazenda de Mato Grosso – SEFAZ/MT, que será utilizado para acobertar prestações internas e interestaduais realizadas por transportador autônomo ou pessoa física ou jurídica não inscritas no Cadastro de Contribuintes do Estado.
(...)
Art. 8º-A A obtenção de documento fiscal, emitido pela Secretaria de Estado de Fazenda, na forma preconizada no artigo 1º desta Portaria, poderá ser substituída por uma das seguintes alternativas: (Acrescentado pela Port. 184/13, efeitos: 1º/7/13)
I – pela emissão de Conhecimento de Transporte Eletrônico – CT-e por estabelecimento mato-grossense, remetente ou destinatário da mercadoria, desde que observado o estatuído no artigo 340 do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto n° 2.212, de 20 de março de 2014, bem como nas demais disposições contidas nos artigos 337 a 342, também do RICMS/2014; (Nova redação dada ao inc. I do art. 8º-A pela Port. 284/14 , para adequação ao texto do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Dec. 2.212/14)
II – pela indicação na aba "transporte", pelo emitente de NF-e, dos dados relativos à prestação de serviço de transporte, em especial, os dados relativos à modalidade do frete, a retenção do ICMS, a identificação do transportador e do veículo, e dos volumes transportados.
§1° A opção por uma das hipóteses previstas no caputdeste artigo implica:
I – na dispensa da obrigação de o prestador de serviço de transporte autônomo ou de a empresa estabelecida em outra unidade federada obter o Conhecimento de Transporte Avulso, de emissão da Secretaria de Estado de Fazenda;
II – no credenciamento do emitente da Nota Fiscal como substituto tributário para o recolhimento do ICMS devido nas operações de transporte;
III – na obrigação de efetivação do recolhimento do ICMS devido pela prestação de serviço de transporte antes da saída da mercadoria do estabelecimento remetente, quando exigido pela legislação, mediante uso de DAR-1/AUT, bem como providenciar para que o referido documento acompanhe o transporte da mercadoria.
§ 2° No caso do emitente do documento fiscal estar credenciado no regime de apuração e recolhimento mensal do imposto devido na prestação de serviço de transporte, conforme previsto no artigo 132 do RICMS/2014, esta situação deve ser
indicada no campo de informações complementares do referido documento. (Nova redação dada ao § 2º do art. 8º-A pela Port. 284/14 , para adequação ao texto do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Dec. 2.212/14)