Bom dia.

Estamos com uma situação que a transportadora emitiu CTE com o tomador errado, pois a empresa ao qual estava tomando o serviço tem filiais e o CTE deveria ter sido emitido para uma dessas filiais, porém foi emitido para o CNPJ da matriz, o CTE foi manifestado a mais de 24hrs  e por isso motivo não é mais possível fazer o cancelamento, tendo nesse caso que fazer a prestação em desacordo e posteriormente o CTE Substituto já que não é mais permitido fazer a NF de anulação de valores. Porém considerando toda essa situação, quando tentamos emitir o CTE substituto para o CNPJ correto da filial da erro, e segundo o pessoal do suporte a SEFAZ não permite fazer CTE Substituto para CNPJ diferente dos relacionado no CTE  de origem. Realmente isso procede? Se sim como devemos proceder nessa situação uma vez que não é mais permitido fazer NFe e CTe de anulação?