Daniel, boa tarde.

No tocante a apuração da base de cálculo, o art. 72 do Regulamento do ICMS deste Estado (RICMS/MT), assevera:

Art. 72 A base do cálculo do imposto é: (cf. caput do art. 6° da Lei n° 7.098/98)
(...)
III – na prestação de serviços de transporte interestadual e intermunicipal e de comunicação, o preço do serviço; (cf. inciso III do caput do art. 6° da Lei n° 7.098/98)

(...)
§ 1° Integram a base de cálculo do imposto os valores correspondentes a: (cf. § 1° do art. 6° da Lei n° 7.098/98)

I – seguros, juros e demais importâncias pagas, recebidas ou debitadas, bem como bonificações ou descontos concedidos sob condição; (cf. alínea a do inciso II do § 1° do art. 6° da Lei n° 7.098/98)

(...). (Destacou-se).

De acordo com os dispositivos acima reproduzidos, integram a base de cálculo do ICMS, além de juros e seguros, as demais importâncias pagas pelo prestador, desde que recebidas ou debitadas do tomador.

Assim sendo, ante o exposto, em resposta à questão apresentada, tem-se a informar que, se o valor pago pela empresa transportadora a título de pedágio for cobrado do tomador como custo do serviço, tal valor deve ser informado no CT-e e consequentemente integrar a base de cálculo do ICMS.

Sugestão de leitura:

Claudenir M. Fardin 10/08/2023