O CTe não tem o EVENTO: Manifestação do destinatário, quando o ERRO foi descoberto depois da prestação do serviço.
O TOMADOR DO SERVIÇO, pode se manifestar no CTe.
Portaria n 336/2012 Sefaz/MT:
Prestação de serviço em desacordo com o informado no CT-e, manifestação do tomador de serviço declarando que a prestação descrita do CT-e não foi descrita conforme acordado;
O evento "prestação de serviço em desacordo com o informado no CT-e" deverá ser realizado pelo tomador do serviço do CT-e
Feito isso, pode ser feito um CTe SUBSTITUTIVO (mas não é permitido cancelar o CTe original).
O CTe original deve ser lançado normal na EFD com o ICMS , e feito o CTe Substitutivo, com o ICMS, pode ser creditado o ICMS do CTe original.
Art. 337 do RICMS/MT Decreto n 2212/2014:
§ 15-A Para substituição dos valores relativos à prestação de serviço de transporte e para alteração de tomador de serviço informado indevidamente no CT-e, em virtude de erro devidamente comprovado, deverão ser observadas, respectivamente, as disposições das cláusulas décima sétima e décima sétima-A do Ajuste SINIEF n° 9/2007.
§ 16 Respeitados os prazos fixados e os procedimentos previstos no Ajuste SINIEF 9/2007, o transportador poderá utilizar-se de eventual crédito decorrente de alteração do tomador do serviço informado indevidamente no CT-e, em virtude de erro devidamente comprovado, somente após a emissão do CT-e substituto, nos termos definidos em normas complementares editadas pela Secretaria Adjunta da Receita Pública.