Bom dia,
Como informado foi criado uma nova Inscrição Estadual de forma que foi criada uma nova empresa, um novo contribuinte, sendo assim tudo começara do zero, emissão de notas, orçamentos, pedidos, estoques etc.
As sérias da empresa anterior não deverão utilizar nesta nova empresa.
Pois ela é independente das demais, cada estabelecimento, seja matriz, filial, depósito, agência ou representante, terá escrituração fiscal, emissão de documentos fiscais e demais obrigações acessórias próprias.
Base legal portaria 05/2014
Esse questionamento já foi respondido neste post:
http://www.sefaz.mt.gov.br/forum/nf-e-nf-e/matriz-de-outra-uf-transferida-para-mt/#post-5451