Vamos por parte:
A empresa é (atividade principal - cnae) comércio de grãos e atividade secundária - Transporte de cargas.
A empresa emiti CTe quando faz uma prestação de serviço de transporte com incidência de ICMS usando o caminhão da empresa.
Obs: Quando o transporte é próprio pelo remetente - não tem CTe - apenas NFe e MDFe.
Quando a empresa contrata transportador autônomo para levar a carga - O TRANSPORTADOR Autônomo (não tendo Inscrição Estadual e não tendo emissão de CTe) vai ter que emitir CTAe (Conhecimento de TRansporte Avulso Eletr). A emissão é feita numa USC - Unidade de Serviço Conveniada que funciona na Prefeitura do Município (onde está carregando - na origem).
OU
O Transportador deve emitir NFF - Nota Fiscal Fácil
Nota Fiscal Fácil é um aplicativo que torna mais fácil a emissão de documentos fiscais pelos produtores rurais (pessoa física) e Transportadores Autônomos de Cargas (*), tais como:
- Nota fiscal (disponível para produtores da cadeia de frutas, legumes e verduras);
- Conhecimento de Transporte Eletrônica (CT-e);
- Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais (MDF-e).
Podem ser emitidos diretamente do seu celular.
*Motorista com veículo próprio contratado por uma empresa para fazer entregas sem ser registrado como funcionário.
OU pode substituir a emissão do CTAe (Conhecimento de Transporte Avulso Eletr)
Portaria n 239/2008 Sefaz/MT:
Art. 8º-A A obtenção de documento fiscal, emitido pela Secretaria de Estado de Fazenda, na forma preconizada no artigo 1º desta Portaria, poderá ser substituída por uma das seguintes alternativas:
I - pela emissão de Conhecimento de Transporte Eletrônico - CT-e por estabelecimento mato-grossense, remetente ou destinatário da mercadoria, desde que observado o estatuído no artigo 340 do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto nº 2.212 , de 20 de março de 2014, bem como nas demais disposições contidas nos artigos 337 a 342, também do RICMS/2014; (Redação do inciso dada pela Portaria SEFAZ Nº 284 DE 17/12/2014).
II - pela indicação na aba “transporte”, pelo emitente de NF-e, dos dados relativos à prestação de serviço de transporte, em especial, os dados relativos à modalidade do frete, a retenção do ICMS, a identificação do transportador e do veículo, e dos volumes transportados.
§ 1º A opção por uma das hipóteses previstas no caput deste artigo implica:
I - na dispensa da obrigação de o prestador de serviço de transporte autônomo ou de a empresa estabelecida em outra unidade federada obter o Conhecimento de Transporte Avulso, de emissão da Secretaria de Estado de Fazenda;
II - no credenciamento do emitente da Nota Fiscal como substituto tributário para o recolhimento do ICMS devido nas operações de transporte;
III - na obrigação de efetivação do recolhimento do ICMS devido pela prestação de serviço de transporte antes da saída da mercadoria do estabelecimento remetente, quando exigido pela legislação, mediante uso de DAR-1/AUT, bem como providenciar para que o referido documento acompanhe o transporte da mercadoria.
§ 2º No caso do emitente do documento fiscal estar credenciado no regime de apuração e recolhimento mensal do imposto devido na prestação de serviço de transporte, conforme previsto no artigo 132 do RICMS/2014, esta situação deve ser indicada no campo de informações complementares do referido documento.