Bom dia!
A Portaria nº 336/2012-SEFAZ, link para acessar: http://app1.sefaz.mt.gov.br/0325677500623408/07FA81BED2760C6B84256710004D3940/DDD64618F82B5E6584257AE10059F607 , que dispõe sobre a CT-e, prevê no seu art. 19-B que o cancelamento extemporâneo pode ser feito até o 5° (quinto) dia útil do mês subsequente àquele em que foi concedida a Autorização de Uso do CT-e.
Portanto, o prazo para cancelamento extemporâneo já se encontra expirado.
O contribuinte deveria ter feito o que prevê o artigo 22 da Port. 336/2012, que seria a substituição de valores relativos à prestação de serviço de transporte, em virtude de erro devidamente comprovado nos termos desta portaria e desde que não descaracterize a prestação, deverá ser utilizado o seguinte procedimento, sendo que após o registro do evento referido no inciso I do caput deste artigo, o transportador emitirá um CT-e substituto, referenciando o CT-e emitido com erro e consignando a expressão "Este documento substitui o CT-e número e data em virtude de (especificar o motivo do erro).
Como não foi feito a substituição de valores e não sendo possível o cancelamento extemporâneo, meu entendimento é que na dúvida exposta, , deverá recolher o ICMS referente o CT-e correto e solicitar a restituição do ICMS do CTe anterior (DESACORDO), utilizando o modelo de processo eletrônico disponibilizado no portal da SEFAZ/MT, sistema e-process:
https://www.sefaz.mt.gov.br/eprocess/util/ViewMenuEProcessModAberto.jsp
MODELO:
RESTITUIÇÃO DE INDÉBITOS ICMS - OUTROS REGIMES
Portal de Atendimento ao Contribuinte e-PAC > FALE CONOSCO>
https://www5.sefaz.mt.gov.br/atendimento/fale-conosco
