@francisco_nascimento
Prezado Francisco Nascimento,
Informo que o serviço de transporte prestado por empresa do mesmo titular(mesma raiz do CNPJ) não configura fato gerador do ICMS, de acordo com o disposto no inciso III do Art. 4º da parte geral do RICMS/MT, aprovado pelo Decreto 2212/2014.
Portanto não há necessidade de emissão de CT-e, nem mesmo há valor comercial nesta operação.
Informo ainda que, se o transporte da mercadoria for intermunicipal ou interestadual, haverá sim, a obrigação da emissão do Manifesto Eletrônico de Documentos Fiscais – MDF-e, nos termos do Art. 343 da parte geral do mesmo regulamento.