A empresa NÃO TEM QUE FAZER inclusão de cnae, pois não é transportadora. Apenas deve fazer o CTe ou incluir na NFe emitida, o ICMS do frete e dispensar a emissão do CTAe, numa Agência Fazendária ou USC.
A Portaria n 239/2008 - sobre CTAe Art. 8-A diz:
Art. 8º-A A obtenção de documento fiscal, emitido pela Secretaria de Estado de Fazenda, na forma preconizada no artigo 1º desta Portaria, poderá ser substituída por uma das seguintes alternativas:
I - pela emissão de Conhecimento de Transporte Eletrônico - CT-e por estabelecimento mato-grossense, remetente ou destinatário da mercadoria, desde que observado o estatuído no artigo 340 do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto nº 2.212 , de 20 de março de 2014, bem como nas demais disposições contidas nos artigos 337 a 342, também do RICMS/2014; (Redação do inciso dada pela Portaria SEFAZ Nº 284 DE 17/12/2014).
II - pela indicação na aba “transporte”, pelo emitente de NF-e, dos dados relativos à prestação de serviço de transporte, em especial, os dados relativos à modalidade do frete, a retenção do ICMS, a identificação do transportador e do veículo, e dos volumes transportados.
§ 1º A opção por uma das hipóteses previstas no caput deste artigo implica:
I - na dispensa da obrigação de o prestador de serviço de transporte autônomo ou de a empresa estabelecida em outra unidade federada obter o Conhecimento de Transporte Avulso, de emissão da Secretaria de Estado de Fazenda;
II - no credenciamento do emitente da Nota Fiscal como substituto tributário para o recolhimento do ICMS devido nas operações de transporte;
III - na obrigação de efetivação do recolhimento do ICMS devido pela prestação de serviço de transporte antes da saída da mercadoria do estabelecimento remetente, quando exigido pela legislação, mediante uso de DAR-1/AUT, bem como providenciar para que o referido documento acompanhe o transporte da mercadoria.
§ 2º No caso do emitente do documento fiscal estar credenciado no regime de apuração e recolhimento mensal do imposto devido na prestação de serviço de transporte, conforme previsto no artigo 132 do RICMS/2014, esta situação deve ser indicada no campo de informações complementares do referido documento.
O Art. 340 do Decreto n 2212/2014 RICMS/MT diz:
Art. 340 Facultativamente, o CT-e poderá, também, ser emitido por estabelecimentos mato-grossenses, regularmente inscritos no Cadastro de Contribuintes do ICMS deste Estado, que efetuarem remessas de mercadorias em operações internas, interestaduais ou de exportação, para acobertar a respectiva prestação de serviço de transporte efetuada por transportador autônomo ou por empresa transportadora de outra unidade federada.
§ 1° Fica, igualmente, conferida a faculdade prevista no caput deste artigo em relação aos estabelecimentos mato-grossenses, na qualidade de destinatários de mercadorias, cujos remetentes também estejam estabelecidos no território deste Estado.
§ 2° O uso do CT-e na hipótese prevista no caput e no § 1° deste artigo implica:
I – a dispensa da obrigação de o prestador de serviço de transporte autônomo ou de a empresa estabelecida em outra unidade federada obterem o Conhecimento de Transporte Avulso, de emissão da Secretaria de Estado de Fazenda, nos termos do inciso I do artigo 176;
II – a obrigação de efetivação do recolhimento do ICMS devido pela prestação de serviço de transporte, antes da saída da mercadoria do estabelecimento remetente, mediante uso de DAR-1/AUT obtido, eletronicamente, no sítio da Secretaria de Estado de Fazenda de Mato Grosso na internet, www.sefaz.mt.gov.br, observado o disposto nos §§ 3° e 4° deste artigo.
§ 3° Para os fins do disposto no inciso II do § 2° deste artigo:
I – o n° do CT-e deverá ser consignado no campo “Informações Complementares” do DAR-1/AUT e o n° deste deverá ser informado no campo “Observações” do CT-e;
II – o transporte da mercadoria deverá ser acompanhado do comprovante do recolhimento do ICMS devido pela respectiva prestação de serviço de transporte.
§ 4° Para efetivação da opção pela emissão do CT-e, nos termos deste artigo, o estabelecimento mato-grossense, interessado, deverá requerer à Secretaria de Estado de Fazenda o uso do referido documento fiscal eletrônico, na condição de usuário voluntário, conforme artigo 341.