Boa tarde,
Existe diferença entre os valores do DIFAL, que não se tem crédito voa EFD, e o ICMS da operação própria.
São dois itens diferentes que não devem ser confundidos, se o ICMS próprio do remetente, ele terá ajustes na EFD, se for valores recolhidos de DIFAL pelo contribuinte de MT, restituição via processo, é o que prevê a legislação atual, caso venha a ser alterada, poderá existir outros meios.