@ademar-freitas, boa tarde!
A base do cálculo do imposto do ICMS DIFAL é o valor da operação sobre o qual incidiu o imposto no estado de origem (inciso IX, Art. 72 DP do RICMS-MT), logo na operação com mercadoria isenta do imposto no estado de origem não há ICMS DIFAL a recolher ao estado de Mato Grosso.
CONVÊNIO ICMS 19/91
Cláusula primeira Nas operações interestaduais, relativas a transferências entre estabelecimentos da mesma empresa, de bens integrados ao ativo imobilizado ou de material de uso ou consumo, observar-se-á:
I - nas saídas do estabelecimento remetente, este:
a) emitirá Nota Fiscal, indicando como valor da operação, o da última entrada do bem imobilizado ou do material de consumo, aplicando-se a alíquota interestadual;
(...)
II - nas entradas no estabelecimento destinatário, este pagará o diferencial de alíquota, correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual, sobre a base de cálculo constante da alínea "a" do inciso anterior, na forma prevista na legislação de cada unidade da Federação.
SEFAZ Agradece o feedback.