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Conforme o Inciso II do § 2º do Art. 37 do RICMS/MT, a responsabilidade do pagamento do DIFAL se dá para o remetente da mercadoria quando o destinatário não for contribuinte do imposto. Segue o disposto no artigo:
Art. 37...
§ 2° Nas hipóteses de que tratam os incisos XIII, XIII-A, XIV, XVI e XIV-A do caput do artigo 3°, a responsabilidade pelo recolhimento do imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual fica atribuída:(cf. § 2° do artigo 18 da Lei n° 7.098/98, acrescentado pela Lei n° 10.337/2015 - efeitos a partir de 1° de janeiro de 2016)
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II - ao remetente ou ao prestador de serviço estabelecido na unidade federada de origem, quando o destinatário mato-grossense não for contribuinte do imposto.
Portanto , quando a empresa não possui inscrição estadual e se enquadra na hipótese do Art. 22 do RICMS/MT, a responsabilidade muda para o destinatário. veja:
Art. 22 Contribuinte é qualquer pessoa, física ou jurídica, que realize, com habitualidade ou em volume que caracterize intuito comercial, operações de circulação de mercadorias ou prestações de serviços de transporte interestadual e intermunicipal e de comunicação, ainda que as operações e as prestações se iniciem no exterior. (cf. caput do art. 16 da Lei n° 7.098/98)