@foss .

Assim sendo se a mercadoria transportada tiver algum benefício, isenção ou não incidência, o imposto referente ao CT-e, nada tem haver com a mercadoria, devo recolher o ICMS Difal sobre o CT-e (São Paulo x Mato Grosso aplico 10% sobre o transporte da mercadoria que tem benefício de isenção)?

Estou com dúvida, pois uma consultoria menciona que devo tributar o CT-e igual a nota, assim sendo se o produto da nota tem benefício não recolho DIFAL sobre o CT-e, se tem redução aplico a mesma redução no CT-e, se é difal direto faço igual sugestão acima 10%, se o produto for ST utilizo essa cálculo (ICMS ST DIFAL = [(V oper - ICMS origem) / (1 - ALQ interna)] x ALQ interna - (V oper x ALQ interestadual).

Já outra consultoria manda aplicar sempre o cálculo se o produto for ST utilizo essa cálculo (ICMS ST DIFAL = [(V oper - ICMS origem) / (1 - ALQ interna)] x ALQ interna - (V oper x ALQ interestadual), se o produto não for substituto aplico somente a diferença independente do benefício.

@foss 

No mesmo contexto acima, onde o produtor fez uma compra interestadual, porem de um insumo agrícola para a industrialização em sua lavoura, e esta compra acompanha CTE onde o produtor é o tomador de serviço, neste caso ele não preciso pagar DIFAL sobre o CTE?

Sobre o disposto no inciso V do § 1º do Art. 2º do RICMS/MT, gostaria de uma explicação sobre o que quer dizer na menção “não esteja vinculada a operação ou prestação subsequente;”

Na aquisição de mercadoria, em regra, será devido o diferencial de alíquotas, considerando que ela se enquadre como uso, consumo ou ativo imobilizado, conforme o artigo 3°, inciso XIII do RICMS/MT. 

Nesta hipótese, não haverá o DIFAL no frete a ser recolhido, pois conforme dispõe o RICMS/MT, no seu artigo 2°, § 1°, inciso V do RICMS/MT, "não esteja vinculado a operação ou prestação subsequente", considerando um insumo, onde ele será utilizado na produção, para a saída "subsequente" da mercadoria.

Em Resumo seria

• frete sobre a compra de uso e consumo, é devido o DIFAL
• Frete sobre o insumo, não é devido o DIFAL

@simoes Acredito que o produtor não se enquadre como consumidor final quando compra insumos agricolas para a lavoura, pois esses insumos serão integrados ao produto final que será comercializado. 

De acordo com o disposto no inciso V do § 1º do Art. 2º do RICMS/MT a incidência de dá sobre a utilização de serviço cuja prestação tenha início em outra unidade da federação e não esteja vinculada a operação ou prestação subsequente, que se enquadra na aquisição de bens e mercadorias para uso, consumo ou integrar o ativo imobilizado, veja:

RICMS/MT - Art. 2º - § 1º - V – sobre a utilização, por contribuinte, de serviço cuja prestação se tenha iniciado em outro Estado e não esteja vinculada a operação ou prestação subsequente

Nesse caso, a aquisição interestadual de serviço de transporte de insumos para a produção agricola, não é devido o diferencial de aliquota visto que esses insumos estão diretamente ligados a uma operação subsequente (comercialização do produto final).

@simoes http://www.sefaz.mt.gov.br/forum/diferencial-de-aliquotas/adubos-e-fertilizante-insumo-agricola/

Estás equivocado. É de praxe o não recolhimento de diferencial de aliquota sobre insumos para produção rural, inclusive, em embalagens utilizadas na produção rural (por exemplo, plásticos para embalagem de algodão), cabendo até defesa administrativa em caso de cobrança indevida (que eu mesma já fiz e foi admitida). Não há o que se falar de diferencial de aliquota em compras para insumos agricolas e sim, insumos para produção rural integram o produto final visto que a são compras relacionadas a atividade fim do produtor.