Bom dia Isis,
De acordo com o § 2º do Artigo 13 do Decreto 288/2019, abaixo reproduzido, o percentual dos fundos é sobre o valor do diferencial de alíquotas diferido, veja:
§ 2° A fruição do diferimento na hipótese de que trata o inciso III do caput deste artigo fica condicionada à efetivação dos recolhimentos dos valores correspondentes aos percentuais adiante indicados aos Fundos assinalados:
I - o percentual de 5% (cinco por cento) do valor do diferencial de alíquota do ICMS diferido, devido na operação, ao Fundo Estadual, instituído pela Lei n° 6.028, de 6 de julho de 1992; e
II - o percentual de 5% (cinco por cento) do valor do diferencial de alíquota do ICMS diferido, devido na operação, ao Fundo de Apoio às Ações Sociais de Mato Grosso - FUS/MT, de que trata a Lei n° 8.059, de 29 de dezembro de 2003, respeitadas as respectivas alterações, em especial a coligida pela Lei n° 10.932, de 23 de agosto de 2019.
Assim sendo é calculado sobre o ICMS diferencial de alíquotas diferido ( o que realmente seria pago ), conforme legislação de cada produto, caso fosse necessário pagá-lo.
Resumindo, no caso em tela a resposta seria sim.
Cba, 04/08/2023.
Cardoso