Bom dia!
No e-process, o contribuinte deverá entrar com o pedido de alteração do código de tributo. O modelo a utilizar, no e-process, é:
PEDIDO DE ALTERAÇÃO DE DOCUMENTO DE ARRECADAÇÃO - DAR-1-AUT
Segue o link do e-process:
https://www.sefaz.mt.gov.br/eprocess/util/ViewMenuEProcessModAberto.jsp
Quanto ao lançamento na NF-e, caso tenha ultrapassado o prazo para solicitar o cancelamento extemporâneo da NF-e e como o campo do ICMS ST não pode ser alterado por NF-e complementar, cabe ao contribuinte solicitar a restituição, uma vez que a obrigação do recolhimento do ICMS ST é do remetente.