Boa tarde!

Não há  necessidade do recolhimento do ICMS diferencial de alíquotas, quando a operação interestadual dor  isenta. O inciso IX do Art. 72 do RICMS/MT reza que  a base de cálculo para  o ICMS diferencial de alíquotas é  a base que  serviu para o Estado  de origem para o recolhimento do ICMS daquele Estado, ora, se ocorreu a isenção  na origem  a base é  zero,  assim  zero será o ICMS diferencial de alíquotas para MT.

Considerando o Art. 3º, entendo que o difal é devido. 

Art. 3° Considera-se ocorrido o fato gerador do imposto no momento: (cf. caput do art. 3° da Lei n° 7.098/98)

XIII - da entrada no território deste Estado de bem ou mercadoria oriundos de outra unidade federada, adquiridos por contribuinte do imposto e destinados ao seu uso ou consumo ou à integração ao seu ativo imobilizado;