@paulo-cleir-cassio, boa tarde!

Teu questionamento "No caso a empresa , por que teria que pagar ICMS novamente ?" em nenhum momento na resposta anterior foi dito que teria que "pagar novamente".

Veja a resposta anterior:

"Paulo, compra  fora do estado de mercadoria classificada como  Consumo, incide o ICMS DIFAL (inciso IV, art. 2º das DP do RICMS-MT). Vedado crédito (inciso III, Art. 116 das DP do RICMS-MT)."

Agora, acrescento, cabe a destinatário, contribuinte mato-grossense substituído,  verificar se o imposto foi apurado corretamente. O contribuinte substituído, é solidário em relação ao ICMS devido à título de substituição tributária, conforme § 2° , art. 4º do Anexo X do RICMS-MT, na hipótese de:

I - imposto destacado e/ou recolhido a menor, ou ainda, não recolhido, na hipótese do substituto tributário:

1. a) não ser credenciado junto a SEFAZ para efetuar a apuração e o recolhimento mensal do ICMS devido à título de substituição tributária;
2. b) estar com a inscrição estadual ou o credenciamento para apuração e recolhimento mensal do ICMS suspenso ou cancelado;

II - imposto destacado a menor, na hipótese do substituto tributário ser credenciado junto a Secretaria de Estado de Fazenda para efetuar a apuração e o recolhimento mensal do ICMS devido à título de substituição tributária;

@elayne-cristina, feito.