No artigo 37 do Anexo VII do Dec. 2.214/2014 (Regulamento do ICMS de MT) estão elencados as hipóteses que o ICMS devido na prestação de serviço de transporte intermunicipal, efetuada dentro de MT tem o DIFERIMENTO DO ICMS, constando no parágrafo 3º AS CONDICIONANTES.

Transcrevo os incisos III, VIII e XIII:

III – transporte de insumos agropecuários: saída da produção agropecuária, se de outra forma não dispuser este regulamento ou a legislação tributária.

(...)

VIII – operação interna de saída de produto agropecuário produzido neste Estado, quando promovida a partir de estabelecimento produtor regular, em operação idônea e regular, com destino a outro estabelecimento igualmente regular perante o Cadastro de Contribuintes do ICMS;

(,,,) 

XIII – operação com contribuinte prestador de serviço de transporte, cuja atividade econômica PRINCIPAL esteja enquadrada no CNAE 4930-2/02.

Assim, caso a empresa estiver cadastrado na SEFAZ/MT com CNAE PRINCIPAL de 4930-2/02 > Transporte rodoviário de carga, exceto produtos perigosos e mudanças, intermunicipal, interestadual e internacional, TODA prestação dentro de MT será com diferimento, independe de que tipo de mercadoria esteja transportando.