@antonio_cont, bom dia!

1- Operação interna com soja são devidas as contribuições FETHAB (Decreto n.º 1.261/00, art. 10, § 1º, I, a ), FETHAB adicional  (Decreto n.º 1.261/00, art. 27-I-5, I) e para a entidade da Cadeia Produtiva da Soja (Decreto n.º 1.261/00, art. 10, § 1º, II).

2- Não há benefício fiscal na saída interestadual de soja.

3- As contribuições ocorrerem de forma monofásica, não incidindo em mais de uma operação com a mesma mercadoria (Decreto n.º 1.261/00, art. 10, § 5º)

Bom dia.

Conforme informado no questionamento, a aquisição da soja será interestadual, neste caso ela será tributada, pois em nenhum Estado existe diferimento em transações comerciais de aquisição interestadual.

Segundo a venda conforme informado será interestadual, novamente não existe diferimento nas operações interestaduais.

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Com as explicações acima vamos aos seus questionamentos

1 - Na aquisição da soja de produtor rural pessoa física, a única coisa que deve ser retida é o Funrural, fethab, fethab adicional, iagro ? (vendedor e comprador optam pelo diferimento do ICMS)

Como informado a aquisição conforme exposto é interestadual, de forma que não ocorre o uso do diferimento, e o FETHAB é um fundo estadual, e é cobrado quando o produto é adquirido internamente com o uso do diferimento, e o momento de seu recolhimento esta previsto no decreto 1261

2 - Existe algum beneficio/redução no ICMS interestadual ?

Não

3 - Na venda interestadual sera devido Funrural, fethab, fethab adicional, iagro ?

Em relação ao FUNRURAL, não é uma cobrança ESTADUAL e sim federal e quem deve ser questionado é receita federal.

Novamente as regars da cobrança do FETHAB estão no decreto 1261

Abaixo esta o link do portal do conhecimento que trata do assunto

https://sac.sefaz.mt.gov.br/citsmart/pages/knowledgeBasePortal/knowledgeBasePortal.load#/knowledge/4607