Olá, Anderson. Estando o CNPJ baixado, o processo é um pouquinho enjoado. Olha o procedimento que eu encontrei:

Envio da EFD para Inscrição Estadual Baixada e CNPJ Baixado

A Inscrição Estadual Baixada ou CNPJ Baixado não impede que a EFD seja transmitida.

Para o envio da EFD de empresas que estejam com IE baixada e CNPJ baixado é necessária a concessão de procuração eletrônica - PROCURAÇÃO E-CAC PRESENCIAL. Esse método consiste em cadastrar uma procuração que delega a terceiro (outorgado), possuidor de certificado digital, a realização do serviço de assinatura da EFD.

Importante salientar que, após a concessão dessa procuração, o outorgante será o responsável pela empresa perante o Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica (CNPJ).

Após o cadastramento da procuração, imprima-a e leve-a à uma unidade de atendimento da RFB no prazo de 30 (trinta) dias contados da data de sua emissão. Essa procuração deverá ser assinada na presença do servidor da unidade de atendimento da RFB, pelo outorgante ou por procurador constituído por procuração pública específica com poderes próprios para a realização desta outorga.

Com a procuração autorizada no sistema pela RFB, será possível a assinatura e envio dos arquivos da EFD da empresa outorgante, ainda que esteja com a IE baixada ou CNPJ baixado.

Importante salientar que os arquivos EFD devem ser enviados até a data da baixa da Inscrição Estadual e não somente até a data da baixa do CNPJ.

Procuração Eletrônica

Seguem abaixo orientações para solicitação de procuração eletrônica, junto à Secretaria da Receita Federal do Brasil, para assinatura de EFD:

1 - A empresa outorgante deve acessar o site da RFB, http://receita.economia.gov.br/, clicar em “Serviços” e selecionar: Procuração > Cadastrar/Consultar/Cancelar - Procuração e-CAC Eletrônica > Atendimento e-CAC certificado digital. Ou acessar diretamente: https://cav.receita.fazenda.gov.br/autenticacao/Login. Caso não tenha código de acesso, será necessário gerar um código;

2 - Clicar na opção "Solicitação de Procuração para a Receita Federal";

3 - Selecionar a opção Procuração para uso do e-CAC > Solicitação de Procuração para a Secretaria da Receita Federal do Brasil;

4 - Preencha os campos com os dados do outorgante e do outorgado;

5 - Nos campos de Dados da Procuração, informe uma senha e a vigência da procuração eletrônica (máximo de 5 anos);

6 - Ainda na mesma página, selecione os Serviços eletrônicos do e-CAC que poderão ser utilizados, marcar a opção Assinatura da Escrituração Fiscal Digital - EFD ICMS IPI que está na aba Destinados tanto a Pessoa Física quanto à Pessoa Jurídica. E em seguida clique em Cadastrar Procuração.

7 - Após o cadastramento da procuração, imprima-a e leve-a à uma unidade de atendimento da RFB no prazo de 30 (trinta) dias contados da data de sua emissão.

(se isso tiver mudado, por favor, compartilhe aqui...)

O texto completo você encontra no portal do conhecimento da Sefaz. https://sac.sefaz.mt.gov.br/citsmart/pages/knowledgeBasePortal/knowledgeBasePortal.load#/knowledge/9357