Boa tarde!
O recolhimento ocorrerá uma unica vez, conforme disposto no art. 10, § 5º do Decreto 1261/00:
Art. 10 O tratamento diferenciado relativo ao diferimento do Imposto sobre Operações relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS, quando previsto na legislação estadual para as operações internas com os produtos arrolados nos §§ 1° e 2° deste artigo, fica condicionado a que os contribuintes, remetentes da mercadoria, contribuam para o FETHAB e, conforme o caso, para o INPECMT, para o IMAmt, para o IAGRO, para o IMAD, bem como para o IMAFIR/MT.
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§ 5° Ressalvado o disposto no § 2° deste preceito, o recolhimento das contribuições de que trata este artigo ocorrerá de forma monofásica, não incidindo em mais de uma operação com a mesma mercadoria.
Desde que cumprido o disposto no art. 5º, II do RICMS/MT, a operação terá não incidência de ICMS.