Bom dia, eu meu entendimento:

Não incide a contribuição FETHAB na saída interna do milho, Incide a contribuição FETHAB na Operação Interestadual e de exportação ou equiparada (Art. 27-I-3 do Decreto 1.261/00)

Já referente ao ICMS verificar:
ICMS DIFERIDO CONFORME ARTIGO 6º ANEXO VII, COMBINADO COM ARTIGO 573 A 586 DO DECRETO 2.212/2014.

Via de regra, devera se atentar o Funrural (tributo federal)

A contribuição ao FETHAB será devida ao remetente nas operações com milho se nos termos do inciso III do § 2° do art. 10 do Decreto 1.261/00, ou seja, em Operação Interestadual e de exportação ou equiparada:

III - 6% (seis por cento) do valor da UPF/MT, vigente no período, por tonelada de milho transportada, nas operações interestaduais, nas operações de exportação, bem como nas operações equiparadas à exportação, previstas no parágrafo único do artigo 3° da Lei Complementar (federal) n° 87, de 13 de setembro de 1996.

Apenas complementando, nos termos do § 1°-A do art. 27-I-3, se fosse o caso de operação interestadual e de exportação ou equiparada, o responsável pelo recolhimento da contribuição será:

I - o remetente, nas saídas:

1. a) destinadas à exportação direta;
2. b) a destinatário situado em outra unidade da Federação;

II - o destinatário, nas saídas efetuadas para empresa comercial exportadora ou trading company situada neste Estado.

entendi @claudenir