@noemy, bom dia!
Noemy, ainda que a prestação intermunicipal de serviço de transporte seja realizada por “prestador autônomo” é devido o ICMS (inciso II, Art. 2º DP do RICMS-MT). O contribuinte é o prestador autônomo, logo este está obrigado ao pagamento do imposto.
Nas prestações internas realizadas por transportador autônomo ou pessoa física ou jurídica não inscritas no Cadastro de Contribuintes do estado está obrigado a emissão do Conhecimento de Transporte Avulso Eletrônico– CTA-e (Art. 1º, PORTARIA N° 239/2008 – SEFAZ)
CTA-e pode ser substituído pela indicação na aba “transporte”, pelo emitente de NF-e, dos dados relativos à prestação de serviço de transporte, o emitente da NF-e passa a assumir a condição de substituto tributário, sendo este responsável pela retenção e recolhimento do imposto (inciso II, Art. 8º-A da PORTARIA N° 239/2008 – SEFAZ).