Trata-se de ICMS incidente sobre a mercadoria vendida em que o frete é um dos componentes do preço e o sujeito passivo é o vendedor da mercadoria; no segundo caso (transportadora) trata-se de ICMS incidente sobre a prestação de serviços de transporte de cargas em que o sujeito passivo é o transportador.
Portanto, o valor do frete constante na nota fiscal, que deve ser sempre indicado nas operações com cláusula CIF, não regulariza a situação tributária quanto ao ICMS sobre a prestação de serviço de transportes de cargas; serve apenas para apurar a base de cálculo do imposto sobre a mercadoria vendida sob clausula CIF.
Portanto o ICMS referente a prestação interestadual iniciada em MT deve recolher 12% sobre o valor da prestação conforme alíquota prevista no inciso II do artigo 95 do Decreto 2.214/2014 (Regulamento do ICMS de MT), independentemente de ser com a venda da mercadoria ser com cláusula CIF ou FOB.