Em meu ver acredito que independe do destaque na origem, para calculo do DIFAL

A base de cálculo do diferencial de alíquotas do ICMS nas aquisições interestaduais de mercadorias ou bens para consumo final, por contribuinte do imposto, será:
-o valor da operação ou prestação na unidade federada de origem, para o cálculo do imposto devido àquela unidade federada; (artigo 72 inc. IX, alínea a, do RICMS)

Para obter a base de cálculo da operação ou prestação será aplicada a alíquota: (§5º-A do art. 72 do RICMS)
-prevista para a operação ou prestação interestadual, para estabelecer a base de cálculo da operação ou prestação na unidade federada de origem;

Outra observação que seria interessante a se verificar, é que se a mercadoria estiver amparada no convenio 52/91 não seria devido o diferencial de alíquota na aquisição interestadual de mercadorias cuja procedência é do Estado de Goiás com destino ao estado de Mato Grosso. (Considerando as reduções previstas)

Boa tarde!

Segue página da SEFAZ que exemplifica os cálculos de DIFAL: 

https://www.portaldoconhecimento.mt.gov.br/resumo-esquem%C3%A1tico-difal-contribuinte