Bom dia
A partir do momento que o contribuinte se enquadra como substituto tributário, nas suas aquisições interestadual não se aplica a substituição tributaria, e a redução do MVA é apenas nas operações internas quando o contribuinte for o substituto tributário.
Observe os parágrafos do 2 e 3 do artigo 2-A que define em que momento se aplica a redução
Art. 2°-A Os contribuintes, estabelecidos no território mato-grossense, inscritos no Cadastro de Contribuintes do ICMS, cuja atividade econômica principal esteja enquadrada na Classificação Nacional de Atividades Econômicas - CNAE como estabelecimento comercial atacadista, para fins de definição da base de cálculo do imposto devido por substituição tributária, nas operações com mercadorias constantes das tabelas I a XIX do Anexo Único desta portaria, ficam autorizados a aplicarem a redução de 50% (cinquenta por cento) sobre o respectivo percentual de Margem de Valor Agregado - MVA fixado na tabela pertinente. (Acrescentado pela Port. 208/19, efeitos a partir de 1°.01.2020)
§ 1° O tratamento previsto no caput deste artigo corresponde a ajuste para fins de equalização do percentual do MVA, em função da responsabilidade pela retenção e recolhimento do ICMS devido por substituição tributária ser atribuída a estabelecimento atacadista mato-grossense, após a ocorrência das etapas anteriores da cadeia comercial, modificando a partida inicial do remetente de outra unidade federada ou do estabelecimento industrial mato-grossense que determinou a fixação do percentual divulgado no anexo desta portaria. (Acrescentado pela Port. 065/2020)
§ 1°-A O disposto no caput deste artigo somente se aplica ao estabelecimento atacadista que: (Renumerado de § 1° para § 1°-A pela Port. 065/2020)
I - for optante pelo Regime Optativo de Tributação da Substituição Tributária;
II - for optante pelo benefício fiscal de crédito outorgado de que trata a alínea a do inciso II do artigo 2° do Anexo XVII do Regulamento do ICMS mato-grossense;
III - for credenciado como substituto tributário;
IV - (revogado) (Revogado pela Port. 42/2020, efeitos a partir de 1°.03.2020)
Redação original.
IV - atenda a condição prevista no § 4° do artigo 6° do Anexo XVII do RICMS/2014.§ 1°-B O disposto neste artigo aplica-se também ao estabelecimento enquadrado no Simples Nacional quando atendidos os demais requisitos exigidos nesta portaria. (Acrescentado pela Port. 065/2020)
§ 2° O percentual de redução previsto no caput deste artigo aplica-se, exclusivamente, na definição da base de cálculo do valor do imposto devido por substituição tributária, vedada sua aplicação na apuração do imposto devido pelas operações próprias do estabelecimento.
§ 3° A redução de que se trata este artigo será aplicada sobre a base de cálculo do imposto devido por substituição tributária, relativo às operações subsequentes à saída do estabelecimento comercial atacadista, enquadrado nas disposições do caput e do § 1° deste artigo, definida nos termos do inciso III do caput do artigo 6°, em combinação com o artigo 7°, ambos do Anexo X do Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto n° 2.212, de 20 de março de 2014. (Acrescentado pela Port 215/19, efeitos a partir de 1°.01.2020)
§ 4° Fica vedada a aplicação da redução prevista neste artigo em relação à base de cálculo definida nos termos do artigo 5° e dos incisos I e II do artigo 6°, ambos do Anexo X do Regulamento do ICMS mato-grossense. (Acrescentado pela Port 215/19, efeitos a partir de 1°.01.2020)