Bom dia
Você esta tendo uma interpretação errônea da legislação, pois não é isso que está escrito é uma opção se existir um beneficio melhor previsto no RICMS.
§ 5° Atendidos os requisitos, formas e condições correspondentes, fica facultado ao contribuinte beneficiário de programa de desenvolvimento de que trata este regulamento optar por tratamento diferenciado previsto no Regulamento do ICMS, aprovado pelo Decreto n° 2.212, de 20 de março de 2014, ou na legislação tributária, incidente sobre a operação e/ou prestação que efetivamente praticar, vedada a incidência cumulativa dos benefícios na mesma operação, ressalvada disposição expressa em contrário. (Nova redação dada pelo Dec. 589/2020, efeitos retroagidos a 1º.01.2020)
§ 6° A opção a que alude o § 5° deste artigo poderá ocorrer a cada operação. (Acrescentado pelo Dec. 589/2020, efeitos retroagidos a 1°.01.2020)
Outro ponto as vedações de crédito são especificas, e estão elencadas no art. 20, 21-B e 21-C do decreto 288, e não estão relacionadas aos créditos de entrada.
Tanto que no art. 14 do Decreto 288, fala doo uso do crédito de entrada na base de cálculo para aplicação do beneficio do programa, de forma
§ 2° Sem prejuízo do disposto no § 5° deste artigo, para fins de apuração do valor de crédito outorgado, previsto neste decreto, o contribuinte deverá, ainda, observar o que segue:
I - somar todos os créditos fiscais relativos às entradas efetivadas no mês, acrescendo eventuais excessos de créditos transferidos do mês imediatamente anterior;
II - calcular o ICMS incidente sobre suas operações próprias de saídas de mercadorias tributadas no mês, passíveis de aplicação do benefício fiscal;
III - aplicar o percentual fixado pelo CONDEPRODEMAT para utilização como crédito outorgado sobre o valor apurado, de acordo com o disposto no inciso II deste artigo;
IV - o crédito outorgado do mês corresponderá, alternativamente:
a) ao valor da diferença positiva entre o montante apurado na forma do inciso III e a soma encontrada de acordo com o disposto no inciso I, ambos deste parágrafo;
b) a zero, quando a diferença entre o valor apurado na forma do inciso III e a soma encontrada de acordo com o disposto no inciso I, ambos deste parágrafo, for igual ou menor que zero.
De forma que não irei prolongar nessa resposta pois a base da indagação promovida esta comprometida por erros de interpretação, de forma que oriento a promover um novo estudo da legislação do Prodeic, para entender como o mesmo funciona.
E caso discorde da legislação, promova uma consulta tributaria formal junto a SEFAZ via E-process