Larissa Belem, bom dia.
O CT-e deverá ser escriturado sem o destaque do ICMS, para que não gere apuração de imposto devido a Mato Grosso.
De acordo com o artigo 11, inciso II, alínea "a", da Lei Complementar 87/1996, o fato gerador do imposto ocorre no início da prestação de serviço de transporte e é esse local de início que determina à qual Estado é devido o imposto.
Caso seja necessário, registrar na página da Sefaz, na funcionalidade: "Sefaz para Você", anexando a planilha com os dados do contribuinte, para verificação e tratando-se de EFD, deverá anexar o arquivo TXT.
No Registro D100 e D190 não poderá ser destacado a alíquota e no Registro E116, não poderá proceder com a apuração do débito.