Bom dia,
Sim o estorno do crédito de entrada deve ser proporcional ao valor de saída
§ 2° O benefício previsto neste artigo implica a obrigatoriedade de estorno proporcional do crédito previsto no artigo 123, incisos V e § 1°, das disposições permanentes, relativo à entrada das mercadorias ou dos insumos para a sua produção, objeto das saídas a que se refere este artigo. (efeitos a partir de 1° de janeiro de 2022)
Exemplo pratico, se o crédito o ICMS de entrada é R$100,00, e na sua saída haverá uma redução de 60%, só poderá ser usado como crédito desses R$100,00, o valor de R$40,00 nada mais, enquanto que os R$60,00 será estornado com base no art. 123