Boa tarde!
Conforme disposto no artigo 5º, § 6º, do Regulamento do IPI, a manipulação de medicamentos não é considerada uma atividade industrial e, sendo assim, na compra de insumos que constem do Anexo X do RICMS/MT, deverá ser pago o ICMS de forma antecipada.
Na venda, SOMENTE os medicamentos feitos sob encomenda para entrega posterior ao adquirente, em caráter pessoal, mediante prescrições de profissionais habilitados ou indicação pelo farmacêutico, produzidos no próprio estabelecimento após atendimento inicial, serão tributadas na forma do Anexo III desta Lei (tributação de receita de serviço - ISSQN), com emissão de NF de serviço;
Já os medicamentos que, porventura, sejam manipulados por conta própria da farmácia, ou seja, sem encomenda, e posteriormente sejam vendidos, serão tributados no Anexo I desta Lei (tributação de receita do comércio - ICMS), com emissão de NF estadual de venda.