Se a operação é com cláusula CIF, regra geral, a empresa remetente da mercadoria responde apenas pelo recolhimento do imposto incidente sobre o valor da operação, cuja base de cálculo deve ser acrescida do custo do frete, conforme preceitua o inciso II do § 1º do artigo 72 do Regulamento do ICMS de MT.

Art. 72 A base do cálculo do imposto é: 

I – nas saídas de mercadorias previstas nos incisos I, III e IV do artigo 3°, bem como no § 13 do referido artigo, o valor da operação; 

1° Integram a base de cálculo do imposto os valores correspondentes a: 

I – seguros, juros e demais importâncias pagas, recebidas ou debitadas, bem como bonificações ou descontos concedidos sob condição; 

II – frete, caso o transporte seja efetuado pelo próprio remetente ou por sua conta e ordem e seja cobrado em separado. 

Deflui-se dos dispositivos acima transcritos que a parcela do frete, assim como ocorre com as demais despesas acessórias decorrentes da venda, é incluída no valor da operação, por conseguinte, deve compor a base de cálculo do ICMS.

Veja também o que prevê o art. 2º da Port. 241/2022:

Art. 2° Salvo expressa disposição em contrário, para determinação da base de cálculo do ICMS relativo às operações com mercadorias de origem agrícola, arroladas no § 1° deste artigo, deverá ser utilizado o valor da operação correspondente.

1° O disposto neste artigo aplica-se às operações de saídas internas e interestaduais com algodão, arroz, cana-de-açúcar, feijão, girassol, milho, milheto, soja, sorgo e trigo.
2° Na hipótese de a operação ser realizada por meio de contrato de compra e venda, o contribuinte deverá registrar no campo "Informações Complementares" do respectivo documento fiscal, os dados referentes ao preço ajustado, bem como os dados identificativos do contrato correspondente.
3° O não atendimento ao disposto no § 2° deste artigo poderá acarretar a rejeição dos valores indicados na nota fiscal, hipótese em que serão considerados, para fins de definição de base de cálculo, os preços atuais do produto, divulgados por entidade de pesquisa do segmento econômico, oficialmente constituída.