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Segue o art. 340 do RICMS/MT, que trata da emissão do CT-E emitido por contribuinte do Estado quando o transporte for realizado por transportador autônomo:
Art. 340 Facultativamente, o CT-e poderá, também, ser emitido por estabelecimentos mato-grossenses, regularmente inscritos no Cadastro de Contribuintes do ICMS deste Estado, que efetuarem remessas de mercadorias em operações internas, interestaduais ou de exportação, para acobertar a respectiva prestação de serviço de transporte efetuada por transportador autônomo ou por empresa transportadora de outra unidade federada.
§ 1° Fica, igualmente, conferida a faculdade prevista no caput deste artigo em relação aos estabelecimentos mato-grossenses, na qualidade de destinatários de mercadorias, cujos remetentes também estejam estabelecidos no território deste Estado.
§ 2° O uso do CT-e na hipótese prevista no caput e no § 1° deste artigo implica:
I – a dispensa da obrigação de o prestador de serviço de transporte autônomo ou de a empresa estabelecida em outra unidade federada obterem o Conhecimento de Transporte Avulso, de emissão da Secretaria de Estado de Fazenda, nos termos do inciso I do artigo 176;
II – a obrigação de efetivação do recolhimento do ICMS devido pela prestação de serviço de transporte, antes da saída da mercadoria do estabelecimento remetente, mediante uso de DAR-1/AUT obtido, eletronicamente, no sítio da Secretaria de Estado de Fazenda de Mato Grosso na internet, www.sefaz.mt.gov.br, observado o disposto nos §§ 3° e 4° deste artigo.
§ 3° Para os fins do disposto no inciso II do § 2° deste artigo:
I – o n° do CT-e deverá ser consignado no campo "Informações Complementares" do DAR-1/AUT e o n° deste deverá ser informado no campo "Observações" do CT-e;
II – o transporte da mercadoria deverá ser acompanhado do comprovante do recolhimento do ICMS devido pela respectiva prestação de serviço de transporte.