Resposta: O art. 356 citado refere-se ao RICMS/MT anterior, sendo que atualmente a redação está prevista no artigo 598 do Dec. 2.214/2014 (Regulamento do ICMS de MT vigente), prevendo se empresa de outra unidade da federação (independe ser do Simples Nacional ou não, portanto inclui o MEI) resolver realizar venda em MT sem destinatário certo, deve recolher o ICMS antecipadamente para MT acrescido do MVA de 50%, deduzindo-se o valor do imposto cobrado na unidade federada de origem, até a importância resultante da aplicação da alíquota vigente para as operações interestaduais realizadas entre contribuintes para fins de comercialização ou industrialização, sobre o valor das mercadorias indicado nos documentos fiscais.
Na situação hipotética do MEI não vender toda a mercadoria em MT e retorne com as mercadorias ao Estado de origem, com relação ao ICMS devido pago na totalidade, veja o que prevê o artigo 1.014 do RICMS/MT:
Art. 1.014 As quantias indevidamente recolhidas aos cofres do Estado poderão ser restituídas, no todo ou em parte, aos contribuintes que comprovarem o seu pagamento. (cf. caput do art. 165 do CTN)
A PORTARIA N° 215/2021-SEFAZ dispõe sobre os procedimentos a serem adotados nos processos de repetição de indébito, no âmbito da SEFAZ/MT, e dá outras providências. No âmbito da Secretaria de Estado de Fazenda, os pedidos de repetição de indébito serão formalizados por meio do Sistema Integrado de Protocolização e Fluxo de Documentos Eletrônicos - e-Process, disponível para acesso no sítio eletrônico www.sefaz.mt.gov.br.