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De acordo com o art. 13 do Decreto 1261/00, deverá haver o recolhimento do FETHAB e IAGRO, pois tal artigo não aponta exceção quanto ao destinatário e que a incidência do FETHAB e IAGRO ocorrerá somente uma vez.:

Art. 13 Nas operações com soja, fica atribuída ao adquirente que receber o produto com diferimento do ICMS, a condição de substituto do seu remetente, para retenção e recolhimento das contribuições de que tratam o artigo anterior.

Parágrafo único Efetuados os recolhimentos previstos no caput pelo destinatário da soja, na condição de substituto tributário, não mais incidirão as contribuições previstas nesta seção nas saídas subsequentes da referida mercadoria.