Edmilson Almeida, boa tarde!
Caso o fisco estadual questione, será através de algum instrumento tal como Notificação de Autorregularização e/ou outro dispositivo, onde o contribuinte poderá fazer a devida justificativa, de acordo com o instrumento gerado, no qual o servidor fazendário apontará a legislação que, em tese, poderia estar em desacordo.
Espero ter auxiliado.
Atenciosamente
Edimar Felício da Silva
CATR/SAC/SARP/SEFAZ/MT