Veja o que prevê a PORTARIA CONJUNTA Nº 008/2018-PGE/SEFAZ

Disciplina as Certidões relativas a Créditos Tributários e Não Tributários Estaduais Geridos pela Procuradoria-Geral do Estado e pela Secretaria de Estado de Fazenda e dá outras providências.

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Art. 2° ...

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• 2° Havendo débito tributário ou não tributário suspenso ou que seja objeto de acordo de parcelamento, com pagamento em dia, será emitida, por meio eletrônico, a Certidão Positiva com Efeitos de Negativa de Débitos relativos a Créditos Tributários e Não Tributários Geridos pela Procuradoria-Geral do Estado e pela Secretaria de Estado de Fazenda - CPEND, que produzirá os mesmos efeitos da Certidão Negativa de Débitos, conforme modelo constante do Anexo III desta portaria conjunta.

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Bom dia

Lei Complementar 123/ 2006

Art 31

• 2^oNa hipótese dos incisos V e XVI do caputdo art. 17, será permitida a permanência da pessoa jurídica como optante pelo Simples Nacional mediante a comprovação da regularização do débito ou do cadastro fiscal no prazo de até 30 (trinta) dias contados a partir da ciência da comunicação da exclusão. 
• 5^oNa hipótese do inciso II do caput deste artigo, uma vez que o motivo da exclusão deixe de existir, havendo a exclusão retroativa de ofício no caso do inciso I do caputdo art. 29 desta Lei Complementar, o efeito desta dar-se-á a partir do mês seguinte ao da ocorrência da situação impeditiva, limitado, porém, ao último dia do ano-calendário em que a referida situação deixou de existir.

Bom dia, tem contribuintes que parcelou o débito do IPVA (pagamento das parcelas estão em dias), está com certidão positiva com efeito negativa e recebeu o termo de exclusão do simples nacional por esse débito de IPVA.

Envio processo impugnando o termo de exclusão ou o contribuinte vai ter que desistir do parcelamento e pagar?

O parcelamento foi efetuado antes da sefaz gerar o termo de exclusão.

O correto é enviar o processo de impugnação ao termo de exclusão.