Quando cancelado o MDF-e dentro das 24 (vinte e quatro) horas após a autorização de uso, desde que não tenha sido iniciado o transporte ou não tenha sido promovida a saída da mercadoria, poderá ser solicitado o cancelado do CT-e e da nota fiscal vinculada, observando-se os prazos de cancelamento estabelecidos para estes documentos.

Caso o MDF-e não tenha sido cancelado no prazo regulamentar e a operação não tenha ocorrido, orienta-se encerrar o MDF-e, citando no campo das observações a descrição do motivo para fins de registro da ocorrência, por não haver previsão legal para o cancelamento extemporâneo.

A orientação de encerramento, se dá porque enquanto houver MDF-e pendente de encerramento para o emitente, não será autorizado novo MDF -e, relativamente ao mesmo emitente, para as mesmas unidades federadas de carregamento e de descarregamento, bem como para o mesmo veículo, em diferentes datas de emissão.