Bom dia!
Ao dar baixa na empresa, o contribuinte deveria ter dado baixa do estoque emitindo NF-e, em nome do(s) sócio(s), utilizando o CFOP 5928, Lançamento efetuado a título de baixa de estoque decorrente do encerramento da atividade do estabelecimento da empresa ou transferência por venda do fundo de comércio.
Sendo assim feito, o sócio ou sócios poderiam emitir nota fiscal avulsa, utilizando seu CPF.
Como não foi feito a emissão de baixa do estoque para o(s) sócio(s), a legislação não prevê como poderá ser procedido a operação na emissão de nota fiscal das mercadorias que se encontram na empresa baixada. O certo é que a empresa baixada não poderá emitir a nota fiscal.
Diante o exposto, cabe ao contribuinte solicitar uma consulta tributária, nos moldes das art. 994 a 1013 do RICMS/MT.