Primeiramente,  precisamos  entender   o  que  é  uma  PARCERIA  RURAL:

A parceria rural é o contrato agrário onde uma pessoa se obriga a ceder à outra o uso específico do imóvel rural ou de partes dele, por um tempo. Nessa modalidade, o parceiro que cede a terra assume os riscos da perda da atividade agrícola, bem como as chances de sucesso.

A parceria rural é um instrumento pelo qual os produtores rurais (tanto o proprietário quanto o parceiro) farão um empreendimento único para a atividade rural.

Ou seja, é uma espécie de contrato em que o dono da terra contribui com o imóvel e o parceiro-outorgado com o trabalho. Eles partilham não só os lucros, mas também os riscos e prejuízos que o empreendimento possa ter.

PORTANTO,  a  parceria  rural  é  diferente  do  arrendamento  rural.

Então,  o  parceiro  Pessoa  Jurídica   já  tem  a  sua  parte  garantida  do  lucro   mas  também  de  assumir  o  prejuízo (se  houver), conforme  definido  no  Contrato  de  parceria.

E o  parceiro  Pessoa  Física   também  tem  a  sua  parte  garantida  do  lucro, mas  também  de  assumir  o  prejuízo (se  houver).

Nesse  caso,   não  tem  necessidade  do  parceiro  Pessoa  Física   emitir  Nota  Fiscal  para  o  parceiro  Pessoa  Jurídica.

O  CFOP -   5456  é  uma  saída  -  Saída referente a remuneração do produtor - Sistema de Integração e Parceria Rural.

Para  a  situação:

Classificam-se neste código a saída da parcela da produção do produtor realizada em sistema de integração e produção animal, quando da entrega ao integrador ou parceiro. Também classificam-se neste código a saída decorrente de "ato cooperativo", inclusive operação entre cooperativa singular e cooperativa central.

Já  o  CFOP  -  5949  -  é  OUTRAS  SAÍDAS de mercadoria  não  especificadas  anteriormente

Classificam-se neste código as outras saídas de mercadorias ou prestações de serviços que não tenham sido especificados nos códigos anteriores.