Bom dia,
Produtor rural no estado de Mato Grosso Usa documentos fiscais eletrônica, como já informado acima, de forma que a emissão de uma nota entrada em referência a nota eletrônica do produtor rural, esta errado, pois se o produtor registrar tanto a sua nota de saída quanto a nota de entrada do destinatário, ocorrera duplicidade no fato.
A melhor opção é desconhecer nos sistema de notas eletrônicas e informar ao destinatário, que o uso de uma nota de entrada em referencia a uma nota eletrônica estará gerando duplicidade.
E para proteção do contribuinte, promover o devido registro dessa operação, para em caso de uma fiscalização demonstrar, que a nota de entrada do destinatário, foi emitida de forma inidônea.