Bom dia,
Sua solicitação de auxilio esta muito confusa, ao mesmo tempo que informa que o destinatário não recebeu a mercadoria, informa que consta como recebida.
A questão é se o destinatário, é contribuinte do ICMS, e este documento tem registro de passagem, indica que esta mercadoria circulou e foi entregue em algum lugar, isto é ao destino.
Para se fazer o uso do art. 201 o destinatário não for contribuinte do ICMS, e se for ele deveria ter recusado esta nota no verso para que sobre a nota originaria se fizesse a entrada com base no art. 201.
A grande pergunta é, se a mercadoria não circulou por que existe o registro de recebimento no destinatário? se foi uma devolução por que assim que a mercadoria voltou ao estoque do remetente não fizeram a nota de entrada dessa mercadoria?
De forma que apenas com as informações dadas aqui é impossível dar uma solução adequada ao caso, ainda mais que já existe um notificação sobre a questão por divergência.
Orientamos a promover uma solicitação no SEFAZ para você, com informações melhores e identificação dos envolvidos, pois existe muitos pormenores não explicados.