@danilo-passos
Boa tarde!
Quanto à emissão de NF-e para acobertar vendas para fora do estabelecimento e posterior retorno, o RICMS/MT não traz nenhuma ressalva excluindo o Microempreendedor, então, no que tange à emissão de NF-e (obrigação acessória), o MEI deve observar a mesma regra imposta aos demais contribuintes.
Veja os posts abaixo relacionados com este tema:
http://www.sefaz.mt.gov.br/forum/postid/8343/
http://www.sefaz.mt.gov.br/forum/postid/3516/
http://www.sefaz.mt.gov.br/forum/postid/6005/
Legislação:
DECRETO Nº 2.212/2014,
PARTE GERAL - TÍTULO VI - DAS OBRIGAÇÕES ESPECIAIS E DE TERCEIROS (Art. 587 a 711-I)
Art. 599