Resumindo: não haverá emissão de Notas Fiscais.

Mais detalhadamente, considerando que uma operação de incorporação se configura como uma transferência de estabelecimento (e não de mercadoria) por meio de sucessão (art. 133 do Código Tributário Nacional); considerando como sendo cumpridas as alterações cadastrais previstas no inciso II do artigo 75 da Portaria 005/2014 e segundo artigo 417 do RICMSMT, nos casos incorporação o novo titular do estabelecimento solicitando a transferência, para o seu nome, por intermédio da repartição fiscal que jurisdiciona o estabelecimento do contribuinte, no prazo de 30 dias da data da ocorrência, dos livros fiscais em uso, assumindo a responsabilidade pela sua guarda, conservação e apresentação ao Fisco, quando exigido; Considerando que nos termos do artigo 353 do RICMSMT é determinado que o estabelecimento não deve proceder a emissão de nota fiscal sem que ocorra a efetiva saída de mercadoria; então não há que se falar emissão de NFE para transferência do saldo do estoque tendo em vista que primeiro não haverá mudança de propriedade e que segundo não haverá saída efetiva da mercadoria do estabelecimento.

Legislação pertinente:  artigo 132 e 133 do Código Tributário Nacional c/ artigos 219, 227 e 229 da Lei (federal) nº 6.404/76 c/ inciso II do artigo 75 da Portaria 005/2014-SEFAZ e artigos 353 e 417 do RICMSMT),