Boa Tarde:

A série de uma  NFe é um número sequencial que define a numeração da nota e no caso de empresas que utilizam mais de uma série,  facilita a identificação do grupo de notas a que pertence tal série, podendo especificar séries para os tipos de operação, tal como  saídas, entradas e outras.

"A numeração da NF-e será sequencial de 1 a 999.999.999, por estabelecimento e por série, devendo ser reiniciada quando atingido esse limite" (Inciso II do artigo10 da Portaria 160/2021 - Ajuste Sinief 07/2005). No caso especificado, para a empresa,  que tem programa/sistema próprio para  emissão, pode dar sequência na série  001 para o tipo de operação a que se destina a citada série , visto que a mesma não atingiu numeração limite imposto pelo dispositivo anteriormente citado.

 A legislação, condições, as regras e os procedimentos para utilização, bem como definição d os obrigados ao uso da Nota Fiscal Eletrônica - NF-e e do respectivo Documento Auxiliar da Nota Fiscal Eletrônica - DANFE,  estão disciplinada na Portaria 160/2021, C/C com Ajuste Sinief 07/2005 e artigos 325 a 335 do RICMS/MT.

Links com orientação e legislação acerca da NF-e e série das mesmas:

http://www.sefaz.mt.gov.br/forum/nf-e-nf-e/uso-de-series-distintas-na-nfe/#post-3617

http://app1.sefaz.mt.gov.br/Sistema/Legislacao/legislacaotribut.nsf/7c7b6a9347c50f55032569140065ebbf/0484daf466d5a4ef04258752006acead?OpenDocument

http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/listaConteudo.aspx?tipoConteudo=ndIjl+iEFdE=

Atenciosamente

Vitor